Vướng mắc của Doanh nghiệp, Bộ phận tư vấn Ban Biên tập Cổng Thông tin điện tử Hải quan – Tổng cục Hải quan có ý kiến trao đổi như sau:

Do Doanh nghiệp cung cấp không đầy đủ thông tin nên chúng tôi không có cơ sở trả lời cụ thể. Tuy nhiên, doanh nghiệp có thể tham khảo thông tin sau:

– Các trường hợp thuộc đối tượng được hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa: được quy định cụ thể tại Điểm 1 văn bản số 18304/BTC-TCHQ V/v hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu khẩu nộp nhầm, nộp thừa của Bộ Tài chính ngày 16/12/82014.

– Thủ tục xử lý tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa:

Theo quy định tại Điểm 2 văn bản số 18304/BTC-TCHQ nêu trên thì “Thủ tục xử lý tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa thực hiện theo quy định tại Khoản 2 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/07/2013 của Chính phủ về việc quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; Khoản 3 Điều 26 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/09/2013 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu; thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Việc hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa được thực hiện đồng thời với việc hoàn thuế nhập khẩu (nếu có).”

– Thẩm quyền hoàn trả thuế:

Ngày 16/12/2014, Bộ Tài chính- Tổng cục Hải quan đã có công văn số 18304/BTC-TCHQ “V/v hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa” gửi các Cục Hải quan tỉnh, thành phố và các Cục Thuế tỉnh, thành phố. Trong đó hướng dẫn về thẩm quyền hoàn trả thuế như sau:
“Cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa cho doanh nghiệp đối với những tờ khai đăng ký từ ngày 01/01/2014 (Thời điểm Thông tư số150/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành) trở đi và những tờ khai mà đến nay doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế.
Trường hợp cơ quan Hải quan đã xác nhận số thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu và doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế thì không xử lý điều chỉnh khấu trừ và thu hồi hoàn thuế”.
Ngày 27/01/2015, Tổng cục Hải quan cũng có công văn số 691/TCHQ-TXNK gửi Công ty TNHH thương mại và dịch vụ Hưng Phát và Cục Hải quan tỉnh, thành phố hướng dẫn hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa. Cụ thể như sau:
“Theo quy định tại điểm 3 công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính thì: “Cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa cho doanh nghiệp đối với những tờ khai đăng ký từ ngày 01/01/2014 (Thời điểm Thông tư số 150/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành) trở đi và những tờ khai mà đến nay doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế.”
Như vậy, trường hợp Công ty TNHH thương mại và dịch vụ Hưng Phát nộp thừa thuế GTGT của tờ khai nhập khẩu số 2746/NKD/KV3-VICT ngày 09/04/2013 tại Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn Khu vực 3 – Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh và chưa thực hiện kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh thì Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh có trách nhiệm hoàn trả khoản thuế nộp thừa nêu trên cho doanh nghiệp.
Đề nghị Công ty TNHH thương mại và dịch vụ Hưng Phát nộp lại bản chính công văn số 6693/KV3-ĐQLT ngày 27/11/2014 của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã xác nhận khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa hoặc công văn do cơ quan thuế xác nhận việc chưa kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan thuế cho cơ quan hải quan để lưu hồ sơ hoàn thuế.
Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh có trách nhiệm gửi một bản Quyết định hoàn thuế, Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN cho Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh để làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số thuế GTGT đã khấu trừ hoặc hoàn thuế khâu nội địa (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan Hải quan theo quy định…”.
Đề nghị Doanh nghiệp tham khảo và liên hệ trực tiếp với cơ quan hải quan nơi có số tiền thuế nộp thừa để được hướng dẫn, xử lý.

Doanh nghiệp có thể tham khảo các văn bản trên tại mục THƯ VIỆN PHÁP LUẬT trên Cổng Thông tin điện tử Hải quan – Tổng cục Hải quan địa chỉ www.customs.gov.vn hoặc liên hệ với cơ quan Hải quan địa phương để được hỗ trợ.